Parallelamente alla carriera operativa nei reparti, Lunardon sviluppa un importante percorso come ufficiale di Stato Maggiore. Presta servizio presso il Comando del 4° Corpo d’Armata Alpino di Bolzano, struttura di vertice delle Truppe Alpine italiane.
Successivamente viene assegnato al Comando Truppe Alpine di Bolzano, dove ricopre il prestigioso incarico di Sottocapo di Stato Maggiore Supporto. In questa veste, è responsabile del coordinamento logistico e del supporto operativo di tutte le unità alpine dell’Esercito Italiano.
In virtù del suo ruolo al Comando Truppe Alpine, il Generale Lunardon assume anche l’importante funzione di rappresentante delle Truppe Alpine alle riunioni del Consiglio Direttivo Nazionale dell’Associazione Nazionale Alpini (ANA). La sua partecipazione ai lavori del CDN si protrae fino al dicembre 2008.